| № | Номер проекта | Название проекта | Руководитель | Дата начала - окончания | 
| 1 | 08-08-99059-р_офи | Разработка физических основ лазерных технологий формирования протяженных массивов наноструктур на поверхности материалов | Абрамов Д. В. | 2008 - 2009 | 
| 2 | 08-02-99011-р_офи | Разработка лабораторного образца квантовой криптографической линии передачи данных на основе неклассических поляризационных состояний светового излучения | Алоджанц А. П. | 2008 - 2009 | 
| 3 | 08-02-99013-р_офи | Новые физические принципы управления распределенной обработкой квантовой информации в квантовых каналах и квантовых сетях | Аракелян С. М. | 2008 - 2009 | 
| 4 | 09-02-91350-ННИО_а | Фазовые переходы и квантовая электродинамика атомных поляритонов в резонаторе | Аракелян С. М. | 2009 - 2010 | 
| 5 | 08-08-99067-р_офи | Разработка и синтез феноменологических и структурных моделей для исследования параметров напряженно-деформированного состояния на макро- и мезо уровнях с целью повышения надежности ответственных деталей и тяжелонагруженного инструмента из конструкционных и композитных материалов | Белевич А. В. | 2008 - 2009 | 
| 6 | 07-08-00558-а | Исследование процессов образования и разработка методов снижения выбросов вредных веществ с отработавшими газами дизелей | Гоц А. Н., Эфрос В. В.
 | 2007 - 2009 | 
| 7 | 09-05-99015-р_офи | Мониторинг электрического и магнитного поля приземного слоя атмосферы с целью прогнозирования состояния окружающей среды в промышленно развитом регионе с использованием новых информационных технологий | Грунская Л. В. | 2009 - 2010 | 
| 8 | 09-01-06065-г | Организация и проведение Международной конференции по математической теории управления и механике | Давыдов А. А. | 2009 - 2009 | 
| 9 | 08-08-99070-р_офи | Разработка информационно-измерительного комплекса по регистрации низкочастотных электромагнитных полей и передаче экспериментальных данных в реальном масштабе времени | Дорожков В. В. | 2008 - 2009 | 
| 10 | 07-08-00740-а | Теоретические и экспериментальные исследования в области создания имплантируемого искусственного желудочка сердца | Жданов А. В. | 2007 - 2009 | 
| 11 | 08-02-99028-р_офи | Исследование рассеяния сверхкоротких оптических импульсов на квантоворазмерных структурах | Игнатьев Ф. Н., Прохоров А. В.
 | 2008 - 2009 | 
| 12 | 09-08-99070-р_офи | Разработка теоретических основ и технологии формирования компонентов наноструктур в стальных и чугунных изделиях в процессе лазерной термической обработки с целью повышения их поверхностной твердости и износостойкости | Коростелев В. Ф. | 2009 - 2010 | 
| 13 | 08-08-99028-р_офи | Исследование и моделирование процессов движения крови в капиллярном русле вблизи поверхности кожи | Кучерик А. О. | 2008 - 2009 | 
| 14 | 08-05-99011-р_офи | Почвенно-продукционный потенциал природно-антропогенных экосистем речных бассейнов с использованием данных дистанционного зондирования | Мищенко Н. В. | 2008 - 2009 | 
| 15 | 08-07-99020-р_офи | Внедрение ИПИ технологий для автоматизации конструкторско-технологической подготовки производства машиностроительной продукции | Морозов В. В. | 2008 - 2009 | 
| 16 | 09-01-06108-г | Организация и проведение Девятой Международной конференции-семинара и Всероссийской молодёжной школы "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах" | Морозов В. В. | 2009 - 2009 | 
| 17 | 09-02-01700-э_г | Организация и проведение 2-ой международной молодежной школы "Современные нанотехнологии и нанофотоника для науки и производства" | Морозов В. В. | 2009 - 2009 | 
| 18 | 09-02-99503-р_б | Развитие МТБ для проведения исследований по области знаний 02 | Морозов В. В. | 2009 - 2009 | 
| 19 | 09-08-01029-а | Создание общей теории и методов проектирования планетарных зубчато-винтовых механизмов и мехатронных приводов на их основе | Морозов В. В. | 2009 - 2011 | 
| 20 | 08-02-99022-р_офи | Радиофизические методы зондирования природных сред | Никитин О. Р. | 2008 - 2009 | 
| 21 | 08-08-99099-р_офи | Разработка имплантируемых устройств биомедицинской техники на базе мехатронных модулей с применением ИПИ-технологий | Новикова Ю. А. | 2008 - 2009 | 
| 22 | 09-02-01410-а | Исследование процессов формирования тонких пленок при управляемом лазерном воздействии | Прокошев В. Г. | 2009 - 2010 | 
| 23 | 09-02-99012-р_офи | Разработка физических основ технологии получения тонких пленок с управляемой топологией наноструктур и заданным их геометрическим распределением | Прокошев В. Г. | 2009 - 2010 | 
| 24 | 09-05-99046-р_офи | Экологический атлас бассейна реки Клязьмы | Селиванова Н. В. | 2009 - 2010 | 
| 25 | 09-05-99003-р_офи | Антропогенная трансформация ландшафтов малых речных бассейнов | Трифонова Т. А. | 2009 - 2010 | 
| 26 | 09-05-99003-р_офи | Антропогенная трансформация ландшафтов малых речных бассейнов | Трифонова Т. А. | 2009 - 2010 | 
| 27 | 08-08-99128-р_офи | Разработка автоматизированных методов проектирования и синтеза мехатронных приводов | Шинаков И. В. | 2008 - 2009 | 
| 28 | 09-05-99002-р_офи | Геохимические особенности естественной эмиссии радона для изотопной диагностики аэродисперсных систем при геоэкологическом мониторинге | Ширкин Л. А. | 2009 - 2010 |